柯萨奇病毒A组10型VP1的生物信息学分析

作者：张高博; 刘益文; 李子星; 刘一洋; 袁俊

来源：公共卫生与预防医学, 2023, 34(05): 14-19.

• 手足口病(HFMD)
• 柯萨奇病毒A组10型(CV-A10)
• 病毒蛋白1(VP1)
• 生物信息学
• 抗原表位

目的 柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)是引发手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的重要病原体之一，此研究运用生物信息学方法预测分析其病毒蛋白(viral protein, VP)中VP1的理化性质、结构特征以及抗原表位。方法 通过ProtParam、SOPMA、SWISS-MODEL、PDBsum、ProSA-web预测分析CV-A10 VP1的理化性质和结构特征。应用DNAstar、ABCpred、Bepipred 2.0、ElliPro、DiscoTope-2.0、NetMHCpan-4.1、NetMHCIIpan-4.0、Consurf、VaxiJen v.2.0、AllerTOP v.2.0、ToxinPred2、IEDB immunogenicity预测分析CV-A10 VP1的抗原表位。结果 CV-A10 VP1为碱性、不稳定的亲水性蛋白，其二级结构以无规则卷曲为主。该蛋白还存在多个潜在B、T细胞抗原表位以及基于潜在表位之上的优势抗原表位。结论 CV-A10 VP1蛋白有多处可诱导特异性体液免疫和细胞免疫的潜在位点，研究为其实验鉴定、分子流行病学研究和疫苗研发提供了重要支持。

• 出版日期2023
• 单位武汉市东西湖区人民医院; 武汉华夏理工学院