猴面花miRNA及靶基因的生物信息学预测

作者：李崇奇; 沈文涛; 言普; 黎小瑛; 周鹏

来源：贵州农业科学, 2015, 43(01): 8-15.

DOI：10.3969/j.issn.1001-3601.2015.01.002

• 猴面花
• miRNA
• 基因组序列
• 转录因子

以猴面花基因组序列为试材,通过psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。结果表明:猴面花基因组中共发现105条成熟miRNA序列,分别属于49个不同miRNA家族;miRNA序列和其侧翼序列都存在碱基偏倚现象,miRNA5′端第1碱基和第19碱基尿嘧啶和胞嘧啶出现的频率分别为67.6%和49.5%;93个miRNA预测到了靶基因,其中有64个靶向转录因子。

• 出版日期2015
• 单位中国热带农业科学院热带生物技术研究所; 海南大学; 海南医学院