香蕉水通道蛋白基因家族的密码子偏好性分析

作者：屈蒙蒙; 孙雪丽; 郝向阳; 时梦; 谭秋月; 刘萍元; 梁蕾; 廖斌; 赖钟雄^*; 程春振^*

来源：园艺与种苗, 2018, 38(05): 4-10.

DOI：10.16530/j.cnki.cn21-1574/s.2018.05.002

• 香蕉
• 水通道蛋白
• 密码子
• 偏好性

[目的]研究香蕉水通道蛋白(AQP)基因家族密码子使用特点,为其基因编码规律及功能和分子进化研究提供依据。[方法]采用Codon W、SPSS、Origin等软件分析香蕉AQP基因家族密码子偏好性。[结果]从香蕉基因组中鉴定获得54条香蕉AQP基因,其中包括9条NIPs、21条PIPs、4条SIPs和20条TIPs。香蕉AQP基因家族A、T、C、G出现频率平均值分别为12.0%、15.9%、52.3%和37.4%,平均GC3s含量为75.8%,ENc值在31.060.7,平均值为42.9;SIPs、NIPs、PIPs和TIPs分别有2、5、7和6个最优密码子,且多以C结尾,少数以G结尾;ENc和CAI呈极显著负相关,说明密码子第3位碱基会影响基因表达能力。[结论]香蕉AQP家族基因密码子偏好性较弱,偏好使用G和C且以G/C结尾的密码子,PIPs和TIPs密码子偏好性受自然选择的影响较大,而NIPs和SIPs受碱基突变的影响较大。

• 出版日期2018
• 单位福建农林大学