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摘要
蛋白质超粗粒化模型是近年来处于发展中的一种运用于超大生物分子体系模拟的理论模型。在超粗粒化模型中,一个超粗粒化粒子表示多个蛋白质的氨基酸残基。与一般基于蛋白质残基的粗粒化模型不同,超粗粒化模型能够用最少的粗粒化粒子表示蛋白质的二级结构,并可以进一步降低计算时间。发展蛋白质超粗粒化模型首先需要确定蛋白质的最优粗粒化表示。在之前的工作中,我们已经发展了"波动极大化"方法与"分步局域迭代"算法来对蛋白质进行快速粗粒化。进一步,我们将"分步局域迭代"算法与其它粒粗化方法进行结合,并比较了各种优化算法的优势。比较优化的结果表明,"分步局域迭代"算法是对表示蛋白质的超粗粒化划分的最准确最快速的算法。
