带电组氨酸侧链与DNA碱基间非键作用强度的理论研究

作者：李蕾; 李书实; 王长生

来源：高等学校化学学报, 2017, 38(01): 56-62.

• 组氨酸侧链
• DNA碱基
• 离子氢键作用
• 堆积作用
• T型作用

采用MP2方法和6-31+G(d,p)基组优化得到了带有一个正电荷的组氨酸侧链与4个DNA碱基间形成的18个氢键复合物的气相稳定结构,从文献中获取了组氨酸侧链与DNA碱基间形成的12个堆积和T型复合物的气相稳定结构,使用包含基组重叠误差(BSSE)校正的MP2方法和aug-cc-pVTZ基组及密度泛函理论M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组计算了这些复合物的结合能.研究结果表明,包含BSSE校正的M06-2X-D3方法和aug-cc-pVDZ基组能够给出较准确的结合能;气相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链最易通过离子氢键与胞嘧啶C和鸟嘌呤G作用形成氢键复合物,组氨酸与胞嘧啶C和鸟嘌呤G间的T型作用强于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用;水相条件下,组氨酸侧链与同种DNA碱基间的离子氢键作用仍明显强于堆积作用和T型作用,组氨酸侧链更易与胞嘧啶C和鸟嘌呤G相互作用形成氢键复合物,但是最强的组氨酸侧链与胞嘧啶C间的T型作用明显弱于与腺嘌呤A和胸腺嘧啶T间的离子氢键作用,说明水相条件下组氨酸侧链与DNA碱基间主要通过离子氢键作用形成氢键复合物.

• 出版日期2017
• 单位辽宁师范大学; 化学化工学院