肝组织选择性转录因子调控网络的构建

作者：廖之君; 马文丽; 梁爽; 郑文岭

来源：中国生物工程杂志, 2008, S1: 7-10.

• 组织选择性
• 肝
• 转录因子
• 转录因子结合位点
• 转录调控网络 Tissue selectivity
• Liver
• Transcription factors(TFs)
• Transcription factor binding sites(TFBS)
• Transcription regulatory network

目的:构建肝脏组织选择性转录因子的调控网络。方法:按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性转录因子(liver-selective transcription factor,LSTF)基因进行研究。收集各基因上游的500个核苷酸启动子序列,再预测这些基因对应的转录因(transcription factors,TFs)以及转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS),并构建LSTF的转录调控网络(transcriptional regulatory network)。结果:获得4个LSTF基因,利用两款软件预测得到4个相同TFs,每个LSTF基因上游存在多个TFs的结合位点,根据3款蛋白质相互作用软件和相关文献作出的转录因子调控网络(包含LSTF、预测的TFs和与其密切相关的其它几个基因),显示各个基因受到复杂的调控,其中肝组织选择性转录因子ID2和PROX1处于网络的显著位置。结论:结合文献分析,ID2和PROX1参与调节肝细胞生长分化等过程,在LSTF的转录网络中可能发挥重要的调控功能。

• 出版日期2008
• 单位福建医科大学; 南方医科大学