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摘要
在SSR标记开发中,合适的位点检索工具是获取位点信息、保障位点准确度及提高开发效率的关键。本研究选取了国内外文献中常用的11种基于Windows系统或在线形式的检索工具对垂柳Unigene序列进行SSR位点检索,比较了不同检索工具的参数设置、使用方式、数据录入量、运行时间、位点统计信息量及位点准确度。经综合对比,检索工具MISA位点检出率及准确度最高,结果统计信息最为丰富;检索工具SSR Locator位点检出率比MISA略低,但操作相对简单,运行时间短,且能对候选位点进行引物设计并模拟PCR反应。因此,推荐MISA和SSR Locator为微卫星位点检索的首选工具。
- 出版日期2015
- 单位江苏省林业科学研究院; 南京林业大学
