蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库

作者：李晓琴; 仁文科; 刘岳; 徐海松; 乔辉

来源：生物信息学, 2010, (03): 245-247+253.

• 蛋白质折叠
• 折叠类型分类
• 数据库
• 折叠核心
• 低相似度 Protein fold
• Fold type classification
• Database
• Fold core
• Low identity

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库。本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性在25%以下、分辨率小于2.5的蛋白为基础,通过对蛋白质空间结构的观察及折叠类型特征的分析,提出以蛋白质折叠核心为中心、以蛋白质结构拓扑不变性为原则、以蛋白质折叠核心的规则结构片段组成、连接和空间排布为依据的蛋白质折叠类型分类方法,建立了低相似度蛋白质折叠分类数据库——LIFCA,包含259种蛋白质折叠类型。数据库的建立,将为进一步的蛋白质折叠建模及数据挖掘...

• 出版日期2010
• 单位北京工业大学