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摘要
【目的】本研究旨在全基因组水平上分析草地贪夜蛾Spodopterafrugiperda完美微卫星的分布规律并对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析,为开发微卫星标记并进一步开展功能研究提供数据基础。【方法】利用软件Krait v0.10.2鉴定草地贪夜蛾基因组的完美微卫星并分析其多样性;利用Python脚本对完美微卫星进行定位,分析其在全基因组不同位置的分布规律;进一步利用BLAST软件、Swiss-Prot蛋白质数据库和R包的clusterProfiler v3.14.3工具包对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析。【结果】共搜索到完美微卫星64025个,其中以单碱基微卫星为主,有28782个,其余依次是四碱基(19 278个)、三碱基(7 685个)、二碱基(5 734个)、五碱基(1 639个)和六碱基微卫星(907个),进一步分析发现6类完美微卫星分别以A、AC、ATC、AAAT、AAAAT和AAAGTC重复拷贝类别为主。随着重复拷贝类别碱基数目的增加,完美微卫星偏好的重复拷贝次数范围逐渐变小。除23、28和30号染色体,6类完美微卫星在其余染色体上的分布情况与其总体分布情况相一致,进一步定位于基因间区的完美微卫星有47 714个,定位于基因上的完美微卫星有16 311个,其中内含子区有16 103个,外显子区有208个。完美微卫星位于外显子分布于196个基因,GO注释分析发现,有132个基因得到注释,所得GO条目为357个,其中122个GO条目归于细胞组分;117个GO条目与分子功能有关;118个GO条目参与到生物学过程中。GO富集条目则主要与磷酸酶和激酶活性等分子功能以及RNA聚合酶Ⅱ介导的转录等生物学过程有关。【结论】本研究初步了解了草地贪夜蛾基因组完美微卫星的分布情况,其基因组完美微卫星的总体相对丰度较低,且大量分布于基因组的非编码区,其中除了单碱基微卫星外,四碱基和三碱基微卫星的相对丰度相对较高,能为开发草地贪夜蛾多态性微卫星标记提供丰富的候选位点。
- 出版日期2020
- 单位四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室; 四川大学; 生物资源与生态环境教育部重点实验室; 生命科学学院
