基于高维特征非线性筛选的HLA-A*0201限制性CTL表位预测

作者：韩娜; 袁哲明; 陈渊; 代志军; 王志明

来源：Acta Physico - Chimica Sinica, 2013, (09): 1945-1953.

• 抗原肽
• 定量序效模型
• 高维特征
• 支持向量回归
• 多肽疫苗 Antigenic peptide
• Quantitative sequence activity model
• High-dimensional descriptor
• Support vector regression
• Peptide vaccine

高活性细胞毒T细胞(CTL)表位鉴定是设计肿瘤疫苗的关键内容.采用天然氨基酸的531个物理化学性质参数表征HLA-A*0201限制性表位9肽,从531×9个初始描述子出发,经二元矩阵重排过滤器粗筛和多轮末尾淘汰精细筛选,获得18个物理化学意义明确的保留描述子.18个保留描述子主要涉及除1位、5位外各位置残基的疏水性和空间结构特征,3位残基疏水性对活性影响最大,且2位、4位、9位残基共占10个保留描述子,支持2位和9位残基为锚点、3位为关键位点以及4位残基为标志链的现有认知.对18个保留描述子以支持向量回归构建定量序效模型,其拟合、留一法交叉验证决定系数R~2、Q_(cv)~2分别为0.957、...

• 出版日期2013
• 单位湖南农业大学