从我国高校跨学科研究组织的基本模式及其运行机制着眼,从国家政府、高校、跨学科研究组织自身三个层面,分析了当前我国高校跨学科研究组织发展面临的现实困境,并结合世界名校跨学科研究组织管理和运行经验,提出了我国高校跨学科研究组织的治理策略。