尘螨Derp1蛋白主要特性及其T细胞抗原表位预测

作者：乔瑞红; 韩海阳; 张小宁; 冯彦^*

来源：中国生物制品学杂志, 2021, 34(08): 969-973.

DOI：10.13200/j.cnki.cjb.003405

• 尘螨
• Derp1蛋白
• T细胞抗原表位预测
• 生物信息学

目的研究屋尘螨Derp1蛋白的性质,通过在线软件明确CD4+T细胞和CD8+T细胞抗原表位分布情况,并找出其优势表位,为尘螨过敏特异诊断和免疫治疗提供新思路和理论依据。方法通过ExPASy的ProtParam tool在线软件输入Derp1蛋白的氨基酸序列分析其理化性质;通过TMpred软件输入Derp1蛋白的氨基酸序列检测该蛋白质的跨膜区特征。经NCBI检索出Derp1基因及其编码氨基酸序列,登录NetMHCIIpan 3.2 Server在线软件输入Derp1基因序列,找出CD4+T细胞抗原表位;分别登录NetMHC 4.0 server、SYFPEITHI、NetCTL 3种在线软件,用上述相同方法找出CD8+T细胞抗原表位。结合4种在线软件的预测结果,找出Derp1蛋白的优势表位。结果 Derp1基因开放阅读框长度为1 400 bp,编码320个氨基酸,Derp1共4 980个原子,相对分子质量为36 078.4,分子式为C1598H2438N444O487S13,等电点为5.56。Derp1蛋白存在螺旋跨膜区分别为1-23、125-148位氨基酸处,两处螺旋区的总评分为2 786。预测Derp1蛋白含有6条CD8+T抗原表位,优势表位的序列分别为:262-270 GYQPNYHAV、115-123RQMRTVTPI、203-211 RPNAQRFGI、300-308 GYFAANIDL、249-257 RHYDGRTII和264-272 QPNYHAVNI。Derp1含有的CD4+T细胞强结合表位为21条。总结在线软件预测的CD4+T和CD8+T细胞抗原表位,最终挑选出的优势表位肽为RQMRTVTPI。结论候选优势表位RQMRTVTPI将作为尘螨过敏特异诊断和免疫治疗的研究基础,为今后临床提高过敏性疾病的诊断及治疗提供理论依据。

• 出版日期2021
• 单位山西医科大学第一医院