科学事业单位有其自身的特殊性。一个单位可能会有不同的科研小组，科研小组之间、科研小组和整个科学事业单位之间的经费使用具有相对独立性，但增值税是以整个单位为主体来申报缴纳的。在新《政府会计制度》下如何按照“二元化”平行核算方式准确进行财务会计和预算会计账务处理，如何平衡科研小组和单位之间的税赋是一个值得积极探析的问题。
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