东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

作者：刘莉; 舒江平; 韦宏金; 张锐; 沈慧; 严岳鸿

来源：生物多样性, 2016, 24(12): 1325-1334.

• 蕨类植物
• 转录组学
• 高通量测序
• 生物多样性
• 适应性

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属,是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识,本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台,共计获得4.95 Gb原始数据(raw data),经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads),并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中,54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据,对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释,并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时,转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。

• 出版日期2016
• 单位上海辰山植物园; 上海师范大学; 中国科学院