QTL作图中零假设检验统计量分布特征及LOD临界值估计方法

作者：孙子淇; 李慧慧; 张鲁燕; 王建康

来源：作物学报, 2013, (01): 1-11.

• QTL作图
• 似然比检验
• LOD统计量
• 零假设
• 显著性水平
• 独立检验次数 QTL mapping
• Likelihood ratio test
• LOD score
• Null hypothesis
• Significance level
• Number of independent tests

研究QTL作图中零假设检验统计量分布特征,可以帮助我们选取合适的LOD临界值,以控制全基因组显著性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法,研究了QTL作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计量在零假设下的分布特征、影响最大LOD统计量累积分布的因素以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数与染色体长度的关系。结果表明,在定位加显性效应QTL的一维扫描和定位上位性互作QTL的二维扫描中,单个扫描位置上的LRT统计量均服从卡方分布,其自由度等于检测QTL遗传参数的个数;染色体个数、群体大小和表型测量误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响,即不影响LOD临界值的选取,而群体类型、标...

• 出版日期2013
• 单位中国农业科学院作物科学研究所