H5N2亚型禽流感病毒血凝素裂解位点碱性氨基酸对应mRNA核苷酸的二级结构分析

作者：张素霞; 王建新; 刘次全

来源：生物信息学, 2009, (02): 155-158.

• 禽流感
• 血凝素
• 裂解位点
• mRNA二级结构
• 动态折叠 avian influenza(AI)
• hemagglutinin(HA) cleavage site
• RNA secondary structure
• dynamic extended folding

以H5N2亚型禽流感病毒毒株血凝素蛋白裂解位点碱性氨基酸为研究对象,对其密码子偏好性和对应mRNA序列的折叠二级结构特点进行研究和分析。旨在探讨裂解位点氨基酸对应mRNA核苷酸片段的二级结构与病毒致病力的关系,希望能对禽流感病毒的研究提供一些基础性信息。将mRNA样本按照序列等步长递增的方法,用RNAstructure 4.1程序预测这些样本的动态延伸折叠二级结构。序列和结构的分析结果:裂解位点的碱性氨基酸对富含腺嘌呤的密码子有强烈偏好;与碱性氨基酸对应的mRNA片段上的核苷酸主要位于折叠二级结构的单链环区,少数位于配对螺旋区。结果表明:裂解位点氨基酸对应的mRNA核苷酸形成发夹端环的大小与其...

• 出版日期2009
• 单位北京大学; 云南大学; 中国科学院昆明动物研究所