基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

作者：王文翔; 杜丽丽; 胡俊伟; 张琰翔; 马铭昊; 段蕊; 钱聪; 王欣玥; 李三禄; 张长庆; 张路培; 高雪; 徐凌洋; 李俊雅; 高会江^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(11): 4589-4604.

• 平凉红牛
• 背最长肌
• 营养成分含量
• 转录组

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因，以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛，测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量，分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组，每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes, SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes, HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个，具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个，富集分析结果与相应的表型相关。通过WGCNA分别筛选出2个目标基因模块及10、14和26个HGs,均鉴定到MYADML2和ZBTB14等关键候选基因，其可能在影响三者比例方面发挥重要作用。本研究通过鉴定影响3种常规营养成分含量的候选基因，挖掘到与肉质性状相关的关键基因。研究结果将为平凉红牛的育种工作提供理论基础，同时也为其他肉牛的品质育种提供参考。

• 出版日期2023
• 单位中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 平凉市牛产业开发办公室