《三鱼堂文集》版本众多,《清人别集总目》著录有15个,《中国古籍总目》著录有7个,版本之间的关系错综复杂。对其进行考辨,认为琴川书屋本、嘉会堂本、老扫叶山房本为同一版本;仅存在光绪版《陆子全书》刻本;《三鱼堂文集》(包括其选本《陆稼书集》)共有12个版本,包括刻本、稿本、抄本、石印本和排印本;《三鱼堂文集》包括文集12卷,外集6卷,附录1卷。