基于频繁子树挖掘的DNA重复序列识别方法

作者：周溜溜; 业宁; 徐昇; 严敏利

来源：微电子学与计算机, 2011, (09): 193-196+201.

DOI：10.19304/j.cnki.issn1000-7180.2011.09.051

• DNA序列
• 重复体识别
• 频繁子树挖掘 DNA sequences
• repeat sequence identification
• frequent-subtree mining

提出了一种基于频繁子树挖掘策略说我DNA重复序列识别方法.绕开了传统的序列比对方式,将序列按照后缀树结构方式进行组织,再对后缀树形式做了约减改进,使其更加适合子树挖掘操作,最后利用频繁子树挖掘的方法对其进行学习.算法可以直接识别出满足设定阈值的重复序列,避免了由短重复体拼接所造成的时间浪费,设计的"二次识别技术"使得算法对模糊重复体也有着很好的识别效果,提高了识别完整度.实验证明:算法在识别效率性能方面较升,尤其当识别较长重复体时,优势体现的更为明显,同时在识别完整度方面也高度可比.

• 出版日期2011
• 单位南京林业大学