蛋白-核酸相互作用的支持向量机预测模型

作者：袁友浪; 刘亮; 钮冰; 陆文聪; 蔡煜东

来源：计算机与应用化学, 2010, (02): 155-158.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2010.02.005

• 蛋白质
• 核酸
• 支持向量机
• 10折交叉验证
• 预测模型 protein
• nucleic acid
• SVMs
• 10-crossvalidation
• prediction model

与核酸作用的蛋白质在基因功能许多方面扮演着极其重要的角色,预测蛋白质是否与核酸作用在生物信息学领域受到广泛关注。本文用氨基酸组成、氨基酸物化特性和蛋白质结构等信息作为特征参数,通过支持向量机方法预测了与核酸作用的蛋白质。分别取与rRNA,RNA和DNA作用的3个蛋白质数据集,用SVM训练,筛选最优核函数,优化核函数参数,建立分类判别模型,并用于预测蛋白质是否与核酸作用。结果表明:即使对同源相似性低于40%的蛋白质,通过用10-crossvalidation(交叉验证)方法测试上述3个数据集都分别有93.75%、83.41%、81.85%的预测正确率。用外部测试集测试所得模型分别有93.8%、8...

• 出版日期2010
• 单位上海大学