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摘要
为探究圆锥南芥(Arabis paniculata Franch)叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性，本研究利用MISA、CUSP和CodonW等软件对圆锥南芥的叶绿体基因组的SSR位点、系统发育及密码子偏好性进行分析。研究结果表明，圆锥南芥的完整叶绿体基因组长度为153 541 bp，基因组平均GC含量为36.41%，其IR、LSC及SSC区长度分别26 419 bp、82 679 bp及18 024 bp。注释得到128个基因，包括85个蛋白编码基因，35个tRNA基因和8个核糖体rRNA基因。SSR分析共发现67个SSR位点，绝大多数属于单碱基重复的A/T类型。系统进化分析表明，圆锥南芥与所选的两个南芥属物种遗传距离较远，单独聚为一支。密码子偏好性分析显示，圆锥南芥叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变双重因素的影响，共筛选出22个最优密码子，其中21个(95.45%)以A/U结尾。本研究可为圆锥南芥系统发育、叶绿体基因组密码子优化、外源基因表达效率以及进一步的遗传改良和育种相关研究提供参考依据。
- 出版日期2022
- 单位贵州师范大学; 生命科学学院; 黔南民族师范学院
