油菜BnTIP2;3的克隆及生物信息学分析

作者：赵丽华; 李甜饴; 刘改霞; 程兴茹; 李如冰; 李文静^*

来源：廊坊师范学院学报(自然科学版), 2020, 20(02): 59-63.

• 油菜
• 水孔蛋白
• 基因克隆
• 生物信息学分析

为研究水孔蛋白分子功能,采用RT-PCR技术从油菜(Brassica napus L.)‘双11’中克隆得到1个液泡膜内在蛋白(tonoplast intrinsic proteins,TIPs)类的水孔蛋白基因,命名为BnTIP2;3,并对其进行生物信息学分析。采用ProtParam、SignalP5.0、TMHMM 2.0、CDD、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL等生物学软件对该蛋白质的理化性质、信号肽、跨膜结构域、保守结构域、亲水性、二级和三级结构进行预测分析。结果表明,BnTIP2;3由250个氨基酸组成,无信号肽、含有6个跨膜区以及2个NPA保守结构域,属于稳定的疏水性蛋白质。该蛋白二级结构主要由无规则卷曲、α-螺旋、β-折叠及β-转角组成,三级结构与二级结构结果一致。系统进化分析表明,BnTIP2;3与拟南芥、亚麻芥、台湾南芥亲缘关系较近。成功克隆了BnTIP2;3基因,为进一步探讨BnTIP2;3基因的生物学功能奠定了基础。

• 出版日期2020
• 单位廊坊师范学院