口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

作者：吕占禄; 王光祥; 尚佑军; 刘湘涛

来源：畜牧兽医学报, 2012, (01): 90-97.

• 口蹄疫病毒
• 全基因组
• 编码区
• 分子生物学特性
• 序列比对 foot-and-mouth disease virus
• genome
• coding region
• sequence alignment
• molecular characterization

参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定。结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142nt,开放读码框(ORF)长6 969nt、编码2 322aa,5′UTR长1 004nt,3′UTR长93nt,3′UTR之后为23nt的poly(A)尾巴。应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析。结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415—499位连续缺失85nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失。其VP1基...

• 出版日期2012
• 单位中国农业科学院兰州兽医研究所; 农业部; 家畜疫病病原生物学国家重点实验室