青藏高原藏羚羊粪便携带小双节RNA病毒调查分析的研究

作者：戴琰; 罗雪莲; 杨晶; 朱文涛; 濮吉; 卢珊; 熊衍文; 徐建国^*

来源：中国人兽共患病学报, 2021, 37(03): 197-202.

• 藏羚羊
• 小双节RNA病毒
• 转录组测序
• 核糖体结合位点

目的调查小双节RNA病毒(Picobirnavirus, PBV)在藏羚羊粪便中的携带情况,并对序列进行分析。方法提取160份藏羚羊粪便样品总RNA,利用转录组测序得到藏羚羊PBV序列,并且采用巢式RT-PCR验证大于1 500 nt接近全长的序列。基于藏羚羊PBV的RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRp)氨基酸序列构建系统进化树;提取藏羚羊PBV起始密码子上游20个核苷酸,分析核糖体结合位点(ribosomal binding site, RBS)在5′非编码区(5′untranslated region, 5′UTR)的分布情况。结果转录组测序结合巢式RT-PCR得到7份藏羚羊粪便携带分节段(8条segment 1和13条segment 2)和不分节段PBV(1条不分节段的PBV)。14条藏羚羊PBV RdRp核苷酸和氨基酸序列一致性为25.4%～97.7%和16.4%～98.2%。系统发育分析表明14条藏羚羊PBV序列处于分散分布,其中11条序列分散在基因I群(genogroup I,GI),3条分散在基因II群(genogroup I,GII),它们与亲缘关系最近的物种核苷酸和氨基酸序列一致性分别为52.3%～76.4%和50.9%～79.5%;藏羚羊与旱獭不分节段PBV分布于GII中,核苷酸序列一致性为47.6%,氨基酸序列一致性为45.8%。经比对发现有13条藏羚羊PBV的5′UTR存在RBS。结论藏羚羊是PBV潜在宿主之一,藏羚羊PBV序列具有高度遗传多样性。

• 出版日期2021
• 单位公共卫生学院; 传染病预防控制国家重点实验室; 广西医科大学; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所