敲除ARID1A对人肝癌细胞系PLC/PRF/5基因表达调控的影响

作者：王町町; 梁俊波; 王晓月^*

来源：基础医学与临床, 2020, 40(04): 501-505.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2020.04.015

• ARID1A
• CRISPR
• 全转录组测序
• 人肝癌细胞系PLC/PRF/5

目的探讨肝癌细胞系PLC/PRF/5中敲除ARID1A后对基因表达调控的影响。方法利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除PLC/PRF/5细胞中ARID1A。然后分别对PLC/PRF/5 ARID1A野生型与敲除型细胞进行全转录组测序分析(RNA-seq),并用DESeq2鉴定ARID1A敲除后差异表达基因。最后,使用Metascape数据库对差异表达基因进行GO功能富集分析。结果成功构建PLC/PRF/5 ARID1A敲除细胞系。利用RNA-seq共筛选出978个差异表达基因,包括480个表达上调差异基因和498个表达下调差异基因。GO功能富集分析显示差异表达基因主要集中在细胞黏附、激素水平调节、激素代谢和MAP激酶活性调节等生物学过程。结论 PLC/PRF/5肝癌细胞中,ARID1A可调控大量基因的表达,为进一步研究ARID1A在肝癌发生发展中的作用机制提供了新的线索。

• 出版日期2020
• 单位北京协和医学院; 中国医学科学院基础医学研究所