蛋白质相互作用网络功能模块检测的研究综述

作者：冀俊忠; ***; 刘红欣; 刘椿年

来源：自动化学报, 2014, (04): 577-593.

• 蛋白质相互作用网络
• 功能模块检测
• 检测流程
• 分类体系
• 性能对比 Protein-protein interaction(PPI) network
• functional module detection
• detection process
• classification system
• performance comparisons

蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络是生命活动中一种极其重要的生物分子关系网络,利用计算方法从PPI网络中检测功能模块是目前生物信息学中一项重要的研究课题.本文首先总结了功能模块检测过程的基本流程,说明了预处理和后处理的作用;其次,提出了一种模块检测方法的分类体系,并对其中一些代表性的检测算法进行了阐述;再次,给出了模块检测常用的数据库、评价指标和相关软件工具,并通过实验对代表性算法进行了性能对比.最后,通过对该领域挑战性问题的分析预测了模块检测未来的研究方向,以期对相关研究提供一定的参考.

• 出版日期2014
• 单位北京工业大学