分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制

作者：陈建中; 梁志强; 张庆刚; 刘晓阳; 王伟; 刘进庆

来源：原子与分子物理学报, 2012, (06): 953-959.

• 分子动力学
• MM-PBSA
• 结合自由能
• MDM2
• 相关矩阵 molecular dynamics simulation
• cross-correlation matrix
• p53-MDM2 interaction
• binding free energy
• MM-PBSA

p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pD16W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pD16W的5个残基Phe19′,Trp22′,Trp23′,Leu26′和Thr27′能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-πc相互作用驱动了p...

• 出版日期2012
• 单位山东师范大学; 山东交通学院