分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用

作者：孟现美; 王加磊; 张少龙; 张庆刚

来源：Acta Chimica Sinica, 2013, (08): 1167-1174.

• HIV-I蛋白酶
• 抑制剂
• 分子动力学模拟
• MM-PB/GBSA方法
• 别构抑制剂 HIV-1 protease
• inhibitor
• molecular dynamics simulation
• MM-PB/GBSA method
• allosteric inhibitor

为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢...

• 出版日期2013
• 单位山东师范大学