基于全基因组重测序的藏猪脂质沉积相关基因鉴定

作者：张彦; 熊和丽^*; 张斌; 相德才; 刘韶娜; 赵智勇

来源：南方农业学报, 2023, 54(02): 325-335.

• 藏猪
• 脂质沉积
• 选择信号
• 等位基因频率
• 全基因组重测序

【目的】从全基因组水平解析藏猪与大白猪间的遗传差异，并鉴定出与藏猪脂质沉积相关的基因，为藏猪优质肉质特征的利用及新品种培育提供理论参考。【方法】选用5份自测云南迪庆藏猪的全基因组重测序数据，以及NCBI数据库中来自西藏、四川、甘肃地区34份藏猪和具有低脂肪沉积特征的14份大白猪全基因组重测序数据，获得全基因组SNP后以VCFtools进行选择信号检测，采用VCFtools分别计算候选SNP在藏猪和大白猪中的等位基因频率，再利用自编Python脚本及所有SNP注释文件进行注释以确定候选基因，最后运用DAVID对候选基因进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析，进一步鉴定与脂质沉积相关的功能基因。【结果】经全基因组重测序及与参考基因组比对、过滤后得到19374832个高质量的SNPs，根据受选择区域条件筛选出370778个候选SNPs，其中符合在藏猪中等位基因频率>0.5而在大白猪中等位基因频率<0.5条件的SNPs有152877个，共注释到1486个候选基因。GO功能注释分析结果显示，1486个候选基因注释到17个GO功能簇（Cluster1～Cluster17），其中Cluster11和Cluster12与脂肪生成相关，涉及与脂滴转运、结合过程相关的基因NME4、C4BPA、AP2M1、CD36、FABP5、PMP2、PDZD8、OSBPL6、APOD和OSBPL1A，与脂肪酸合成、延伸和代谢过程相关的基因TECR、ELOVL7、HACD2，以及与脂肪形成相关的细胞外基质基因（CCN3、EGFL6、KAZALD1、ASPN、ADAMTS18、ECM2、COL18A1、COL3A1和COL4A5）；通过文献分析还发现8个基因（APOOL、PLAG1、PLAUR、SUCLG2、CPE、AKR1B1、SLC4A4和CHPT1）在藏猪与大白猪皮下脂肪或肌肉组织呈差异表达，且与脂肪形成相关。【结论】藏猪与大白猪间的脂肪沉积差异涉及脂肪形成的多个过程和多个基因，细胞外基质基因也可能与藏猪脂肪形成相关，且这些基因在藏猪中均具有较高的等位基因频率。

• 出版日期2023
• 单位云南省畜牧兽医科学院