桃WRKY基因家族全基因组鉴定和表达分析

作者：谷彦冰; 冀志蕊; 迟福梅; 乔壮; 徐成楠; 张俊祥; 周宗山; 董庆龙

来源：遗传, 2016, 38(03): 254-270.

DOI：10.16288/j.yczz.15-235

• 桃
• WRKY
• 转录因子
• 基因家族
• 表达分析

WRKY转录因子是植物中最大的转录调控家族之一,在生物和非生物胁迫以及植物生长和发育过程中起着重要调控作用。本文利用HMMER 3.0软件,使用WRKY保守域全蛋白序列(Pfam数据库编号:PF03106)鉴定桃(Prunus persica L.)基因组中的WRKY基因;利用DNAMAN 5.0、Web Logo 3、MEGA5.1、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。本文共鉴定得到61个桃WRKY基因。进化树分析结果显示,桃WRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,类型Ⅰ分为Ⅰ-C亚组和Ⅰ-N亚组,类型Ⅱ分为Ⅱ-a、II-b、II-c、II-d和II-e亚组。WRKY结构域分析显示,WRKY结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构。染色体定位分析显示,桃WRKY基因分布于8条染色体中,呈不均匀分布。内含子和外显子结构分析表明,WRKY基因结构进化高度保守。保守元件分析表明,桃WRKY基因家族包含5个保守元件,元件1、2和3为WRKY盒,元件4、5为未知盒。桃WRKY基因家族都包含有WRKY盒,类型Ⅰ中含有2个WRKY盒;II-d亚组中含有未知元件5。半定量和荧光定量PCR结果显示,16个WRKY基因均在桃的根、茎、叶、花和果中表达,但其相对表达水平不同。

• 出版日期2016
• 单位中国农业科学院果树研究所