基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析

作者：刘奕; 陈伟兴; 周丹; 陈晓婷; 王美玉; 王桂兴; 刘海金

来源：海洋渔业, 2013, (02): 137-142.

DOI：10.13233/j.cnki.mar.fish.2013.02.003

• 牙鲆
• 表达序列标签
• EST-SSR
• 引物 Paralichthys olivaceus
• expressed sequence tag(EST)
• EST-SSR
• prmier

本研究对公共数据库中的15 268条牙鲆EST序列进行处理和分析。在917条EST序列中查找到SSR,出现频率为12.6%,分布密度为1/5.7 kb。优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸重复,占63.5%和24.3%,并且分别以(AC)n重复(63.9%)和(AGC)n重复(15%)最多。基序重复次数以6次为最多,占24.0%。运用所得到的EST-SSR序列设计484对引物,经牙鲆群体验证,共获得了357对有效引物,占总引物数73.8%。研究结果为牙鲆及亲缘关系较近物种的EST-SSR标记的开发提供基础,同时也为后续遗传研究提供有效的分子标记。

• 出版日期2013
• 单位中国水产科学研究院; 东北农业大学