OsOFP6基因过表达与RNA干扰水稻转录组分析

作者：黄梅艳; 颉永红; 赵红; 刘炳环; 樊铸硼; 滕开冲; 李建雄^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(22): 24-33.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.22.004

• 水稻
• OsOFP6基因
• 核糖体
• 代谢
• RNA-seq
• 差异表达基因

为探究卵形家族蛋白6(OFP6)基因过表达(OE)与RNA干扰(RNAi)对水稻基因转录表达的影响，并解析OsOFP6基因调控水稻生长发育与抗逆通路，对OsOFP6基因的OsOFP6-OE、OsOFP6-RNAi株系进行转录组测序技术(RNA-seq)测序。测序共获得446 277 340份原始数据，每个样品比对率均在90.84%以上，OsOFP6-OE与OsOFP6-RNAi共检测到22 116个基因，以Fold Change≥2且FDR<0.05作为筛选标准，ZH11 vs OsOFP6-OE中获得229个差异表达基因(DEGs),其中包含上调基因161个、下调基因68个；ZH11 vs OsOFP6-RNAi中获得1 466个差异表达基因，其中包含上调基因464个、下调基因1 002个。OsOFP6-OE的KEGG通路富集分析结果显示，差异基因在氨基酸糖和核苷酸糖代谢相关通路中较多。OsOFP6-RNAi的KEGG通路富集分析结果显示，差异基因显著富集于核糖体相关通路。过表达OsOFP6后，显示有8个DEGs富集到核氨基酸糖和核苷酸糖代谢通路中，可能参与核苷酸与蛋白质的水解。OsOFP6-RNAi后，其中有28个DEGs被富集到核糖体中，可能参与mRNA的翻译、翻译共折叠、添加不依赖翻译的氨基酸。利用RNA-Seq技术分析了OsOFP6基因过表达与RNA干扰对中花11的影响，发现其通过调控多个OsOFP6下游基因表达，来影响其代谢相关信号通路，为后续分析OsOFP6基因的功能以及解析OFP家族基因的表达调控提供了材料。

• 单位
  广西大学