百日咳杆菌百日咳毒素基因遗传变异分析

作者：李喆; 王丽婵; 谭亚军; 马霄^*

来源：疾病监测, 2021, 36(07): 666-671.

• 百日咳毒素
• 进化簇
• 遗传距离
• 特征性位点
• 进化速率

目的了解百日咳毒素(pt)基因启动子区及不同亚基编码区遗传变异特点及进化规律,为分子流行病学监控和疫苗研究提供参考依据。方法从GenBank数据库中下载已公开发表的百日咳菌株pt基因启动子区序列及S1～S5亚基编码序列,利用PhyML 3.0软件构建系统发育树,确定进化簇;利用MEGA 7.0软件计算遗传距离;通过VESPA分析工具,分析不同进化簇的特征性核苷酸/氨基酸位点;利用SNAP v2.1.1软件计算不同区域选择压力。结果获得启动子区序列797条,含有4个进化簇,平均遗传距离为1.89×10-3;获得S1区序列786条,含有4个进化簇,平均遗传距离为2.43×10-4,dn/ds>1;获得S2区序列772条,含有2个进化簇,平均遗传距离为4.31×10-5,dn/ds>1;获得S3区序列772条,含有1个进化簇,平均遗传距离为3.96×10-6;获得S4区序列775条,含有1个进化簇,平均遗传距离为2.36×10-5;获得S5区序列776条,含有1个进化簇,所有序列无差异,平均遗传距离为0。结论 pt基因不同区域遗传变异度及进化特点存在明显差别。针对pt基因的分子流行病学研究和疫苗研发应重点关注启动子区,S1亚基及S2亚基。

• 出版日期2021
• 单位中国食品药品检定研究院