ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究

作者：杨忠志; 王晶晶; 刘翠

来源：辽宁师范大学学报(自然科学版), 2012, (04): 493-498.

• 分子动力学模拟
• 浮动电荷力场
• ABEEMσπ/MM
• GA88/GB88
• 回旋半径
• 氢键分布 molecular dynamic simulations
• fluctuating charge force field
• ABEEMσπ/MM
• GA88/GB88
• radius of gyration
• distribution of hydrogen bond

应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致...

• 出版日期2012
• 单位辽宁师范大学