喀什边境口岸陆运卡车及集装箱污染的新冠病毒基因特征分析

作者：冯晔囡; 崔燕; 陈志肖; 郜振国; 梦遥; 马鑫; 赵翔; 赵俊; 聂凯; 王森路; 张璇; 王佶; 陈媛; 李方; 王希江; 甫尔哈提·吾守尔; 许文波; 陈操^*; 王大燕^*

来源：病毒学报, 2021, 37(06): 1292-1301.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004047

• 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)
• 新型冠状病毒肺炎(COVID-19)
• 喀什
• 边境快速物流
• 基因型多样性

新疆维吾尔自治区喀什地区作为我国与中亚和欧洲的重要陆路货运口岸,来往货物运输频繁,引入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)风险大,对我国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控造成压力。2020年11月我国新疆维吾尔自治区喀什地区发生输入SARS-CoV-2导致的本土聚集性COVID-19疫情。为明确货物运输载体携带SARS-CoV-2的基因特征以及边境快速物流系统作为SARS-CoV-2传播载体的可能性,本研究对2020年11月6日-2020年11月10日期间在喀什边境口岸货运卡车及运输的集装箱采集的35份SARS-CoV-2核酸阳性样本进行SARS-CoV-2全基因组序列测定和比对分析。结果显示,35份样本ORF1ab基因Ct值的中位数(最小值～最大值)为37.64(28.91～39.81),N基因Ct值的中位数(最小值～最大值)为36.50(26.35～39.30),Reads数匹配率的中位数(最小值～最大值)为51.95%(0.86%～99.31%),病毒载量较低;35份样本中基因组覆盖度达到70%以上的共计18份。基于Pango命名法,18条SARS-CoV-2基因组序列分别属于B.1、B.1.1、B.1.9、B.1.1.220、B.1.153和B.1.465共6个不同的基因型,其中3个基因型(B.1、B.1.1和B.1.153)在喀什边境接壤或邻近的四个国家同期采集的病例样本中也有发现。核苷酸突变位点和系统进化树分析显示,同一个地点采集的样本病毒基因组相似程度高;18条序列中的4条与喀什COVID-19疫情毒株代表序列处在同一个进化分支;其中1条序列与喀什COVID-19疫情毒株基因组存在1个或2个核苷酸突变位点差异,高度同源。本研究证实喀什COVID-19疫情期间边境货运卡车和集装箱存在境外多种基因型病毒的污染,其中存在喀什COVID-19疫情毒株的祖父代病毒,高度提示边境快速物流系统卡车及集装箱作为载体携带SARS-CoV-2病毒入境造成了本土疫情,这些数据为我国边境口岸地区的新冠防控策略制定及后续疫情溯源提供了关键的参考依据。

• 出版日期2021
• 单位中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 中国科学院; 新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心