兰州鲇MyoD基因的克隆与生物信息学分析

作者：俞兆曦; 连总强; 吴旭东; 杨忠礼; 李力; 张锋; 肖伟; 赛清云

来源：淡水渔业, 2016, 46(02): 10-15.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.2016.02.002

• 兰州鲇(Silurus lanzhouensis)
• MyoD
• 基因克隆
• 生物信息学

为研究兰州鲇(Silurus lanzhouensis)生长性状相关基因,运用RT-PCR、TA克隆和核酸测序等技术对兰州鲇MyoD基因的CDS区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇MyoD基因的完整CDS区序列810 bp(Gen Bank登录号:KT277551)及MyoD基因全序列1 210 bp(Gen Bank登录号:KT339175),包括部分5’端63 bp和3’端58 bp;ORF区含有3个外显子和2个内含子,外显子长度分别为510 bp、80 bp和220 bp,内含子长度分别为156 bp和123 bp,编码269个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质;预测亚细胞定位MyoD主要分布于细胞核(56.5%),MyoD二聚体结构是一个螺旋-环-螺旋(b HLH)。基于12种鱼类MyoD基因CDS序列构建系统发育树及编码区同源性比较,分析结果表明,MyoD基因编码区在进化过程中比较保守,且兰州鲇MyoD与斑点叉尾、白鲶鱼、蓝鲶鱼之间存在较高的同源性。

• 出版日期2016
• 单位甘肃农业大学; 宁夏回族自治区水产研究所