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摘要
基于Oxford Nanopore PromethION测序仪对祁连圆柏(Juniperus przewalskii Komarov)叶绿体基因组的测序结果，对原属于圆柏属(Sabina Mill.)、现属于刺柏属(Juniperus Linn.)的祁连圆柏和高山柏(Juniperus squamata Buchanan-Hamilton ex D. Don)等5个树种的叶绿体基因组进行了序列对比和反向重复区(IR)边界分析，并对柏科(Cupressaceae)15个树种进行了系统发育分析。结果表明：祁连圆柏叶绿体基因组为环状四分体结构，但四分体结构不明显，基因组全长127 317 bp,共编码118个基因；密码子共23 708个，且偏好使用A或U;简单重复序列共289个，以AA或TT为主；长重复序列共38个，其中正向重复序列最为丰富。参与比较分析的5个树种的叶绿体基因组具有高度相似性，存在显著变异的区域主要集中在非编码序列；5个树种的IR区表现出明显缩减现象，长度在257～265 bp之间。系统发育分析结果显示：原属于圆柏属的物种与刺柏属物种亲缘关系较近，且2个属内的部分物种在系统发育树中的位置出现交错现象，其中祁连圆柏与高山柏聚为一支，亲缘关系最近。综合研究结果表明：祁连圆柏叶绿体基因组偏小，表现为不典型的四分体结构，IR区发生明显缩减；在叶绿体基因组编码的氨基酸序列中，Leu数量最多，AAA(编码Lys)是使用最多的密码子；原属于圆柏属的物种叶绿体基因组具有高度保守性，高变异区域只存在于单拷贝区域，鉴定出的accD、ycf1和ycf2 3个存在显著变异的基因可作为高变异区，为界定密切相关的分类群提供丰富的系统发育信息。
- 出版日期2023
- 单位甘肃省祁连山水源涵养林研究院; 北京林业大学
