大肠杆菌gdhA基因的密码子偏好性分析及优化

作者：苏惠; 李永光; 谭文雍; 滕卫丽; 李文滨

来源：基因组学与应用生物学, 2015, (03): 521-529.

DOI：10.13417/j.gab.034.000521

• gdhA基因
• 密码子偏好性
• 密码子优化 gdhA gene
• Codon usage bias
• Codon optimization

本研究对10种生物的谷氨酸脱氢酶gdh A基因分别进行了针对单独生物的密码子使用偏好性的分析并进行了比较。分析结果表明:在10种生物中,gdh A基因在编码时对密码子的使用存在较大不同,水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的有效密码子数(effective number of codons,ENc)值均在40左右,说明水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的密码子使用偏好性较强;其余6种生物的ENc值均在50左右,差异并不大,说明其余6种生物的密码子偏好性要相对弱些。水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、沙门氏菌、地衣芽孢杆菌和大肠杆菌这6种生物的gdh A基因在编码时偏好使用G或C结尾的密码子;玉米、大...

• 出版日期2015
• 单位东北农业大学