氨态氮对菲律宾蛤仔毒理机制研究的内参基因筛选

作者：曹滕飞; 丛明; 李兆艳; 赵建民; 吕家森; 李成华

来源：生态毒理学报, 2017, 12(02): 182-190.

• 氨氮
• 菲律宾蛤仔
• 内参基因

为了准确和系统地分析NH3-N对菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）毒性的分子机制,并对相关基因的转录组学数据进行验证,利用ge Norm和Normfinder这2种软件,以暴露30 d中不同时间点的鳃组织c DNA为模板,从18S r RNA（18S）、beta-actin（Actin）、beta-tubulin（Tubu）、elongation factor 1-alpha（EF1α）、cyclophilin A（Cy PA）、Ubiquitin（Ub）等6个备选管家基因中,筛选可以稳定表达的内参基因,作为转录组学分析的内参基因。以稀释50倍的鳃组织c DNA模板作为检测模板,ge Norm软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性依次为:EF1α>Cy PA>Actin>Tubu>Ub>18S,较优内参为EF1α和Cy PA;Norm Finder软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性为:EF1α>Actin>Tubu>Cy PA>Ub>18S,最优内参基因为EF1α。为了验证上述筛选结果,分别以EF1α和Cy PA作为内参基因研究unigene1的表达趋势,发现以EF1α为内参基因时,unigene1的q RT-PCR的表达趋势与其转录组表达倍数的变化趋势一致。因此确定NH3-N暴露菲律宾蛤仔后,鳃组织中表达最为稳定的内参基因为EF1α。

• 出版日期2017
• 单位宁波大学; 中国科学院烟台海岸带研究所; 烟台大学; 生命学院