MrBayes(MC)~3GPU算法的优化

作者：暴洁; 夏宏举; 周剑夫; 王刚; 刘晓光

来源：武汉大学学报(理学版), 2012, (02): 157-164.

DOI：10.14188/j.1671-8836.2012.02.006

• 种系发生
• 贝叶斯
• CUDA
• 流
• 并发度 phylogenetics
• Bayes
• CUDA
• stream
• parallization

为了进一步提高CPU-GPU协同贝叶斯种系发生算法n(MC)3的并发度,本文在n(MC)3算法基础上提出了优化算法,修改算法并行策略,重组计算次序,削弱相邻计算节点之间的依赖关系,增强GPU空闲单元的利用,实现了更高的加速比,显著提高了算法性能.

• 出版日期2012
• 单位南开大学