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摘要
目的：或通过生物信息学方法探讨柯萨奇病毒-腺病毒受体(CAR)在扩张型心肌病(DCM)发病中的作用机制及其表达调控因素。 方法：采用Kittleson等发表的心肌病基因芯片表达谱数据,通过双向聚类的方法,利用计算模式识别技术寻找表达模式相似基因簇,证实这些基因簇对于样本的疾病列表划分显著有效。利用蛋白质互作数据库注释系统,研究上述基因簇在蛋白质互作水平上的关系,并建立互作网络。 结果：通过对差异基因筛选之后的4013个基因和重分类的两类样本的双向聚类,两类样本得到较好地划分,分类正确率为77.8％,高于利用全部22283个基因对样本分类的正确率75％。聚类分析找到表达模式相似的基因簇GENESET11,包括CAR基因在内共有33个基因,其中19个基因在现有的蛋白质互作数据库中有其编码蛋白质的互作信息,且其中12个编码蛋白在互作网络中作为关键蛋白质出现,多为编码信号转导、能量代谢、免疫反应、病毒感染、凋亡、增殖与损伤修复等有关的基因。 结论：CAR和基因簇GENESET 11中其他与其具有相似表达模式的基因,可能通过介导信号转导、病毒感染、能量代谢、免疫反应、细胞凋亡与损伤修复等机制,在DCM的发病机制中起着重要的协同作用。
- 出版日期2008
- 单位哈尔滨医科大学
