蛋白质磷酸化位点的识别

作者：白海艳; 吕军; 张颖; 计美珍; 秦丹丹

来源：内蒙古工业大学学报(自然科学版), 2011, (02): 108-115.

• 蛋白质磷酸化位点
• 延森-香农离散量
• 二次判别分析 protein phosphorylation site
• Jensen-Shannon divergence
• quadratic discriminant analysis

磷酸化是蛋白质重要的翻译后修饰之一,磷酸化位点的理论识别是计算生物学的重要研究内容。磷酸化位点附近存在保守残基片段,而这种保守性又与激酶类型相关。选择注释数据相对较多的CK2,PKA和PKC三种激酶催化的磷酸化位点作为研究对象,以序列组分特征,残基位置特异性特征和残基的非近邻关联特征为参数,采用延森-香农离散量(Jensen-Shannon Divergence,JSD)作为各特征差异度量,再使用二次判别分析算法组合不同特征,对磷酸化位点进行预测。对CK2,PKA和PKC三种激酶磷酸化位点7-fold交叉检验,总精度分别达到了90%,90%和86%,这一结果要好于当前其它预测模型。

• 出版日期2011
• 单位内蒙古工业大学