南宁市朝阳溪污水中诺如病毒检测及其基因型分布

作者：邓丽丽; 刘巍; 马宇燕; 谭冬梅; 梁亮; 韦敬航; 钟革

来源：中国热带医学, 2017, 17(04): 358-371.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2017.04.09

• 污水
• 诺如病毒
• 亲缘关系分析
• 基因亚型

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)污染状况及其基因分布。方法应用实时荧光逆转录-聚合酶链(Realtime RT-PCR)方法对2011年采集的72份朝阳溪污水进行NV检测,阳性标本进行基因克隆和序列测定,并进行亲缘关系分析。结果 72份污水均能检出NV,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV、基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)NV阳性率分别为70.83%和100.00%。经亲缘关系树分析发现,测序成功的239株阳性克隆,共包含有16种不同亚型的NV,GⅠ(GⅠ.1、GⅠ.3、GⅠ.4、GⅠ.6、GⅠ.9、GⅠ.10、GⅠ.13、GⅠ.14、)、GⅡ(GⅡ.1、GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.4、GⅡ.5、GⅡ.6、GⅡ.12、GⅡ.14)各8种。污水中GⅠ和GⅡNV代表株与广西急性腹泻病例的各亚型代表株的亲缘关系密切。在污水中还检测到37株在广西腹泻病例中未检测到的基因亚型NV,占总NV检出株数的15.48%(37/239),其中GⅠ有6个亚型、GⅡ有2个亚型。NV各亚型中检出比例最高的是GⅡ.14,占31.80%(76/239)、GⅠ.4次之,占18.83%(45/239)。在污水中同时检出GⅡ.4 2006年变异株与2010年变异株。结论污水监测能从侧面反映有多个基因亚型NV在南宁市人群中流行,但一些基因亚型的NV可能以隐性感染为主。

• 出版日期2017
• 单位广西壮族自治区疾病预防控制中心