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摘要
为研究5种柴胡属植物叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因素，利用CodonW、CUSP软件计算密码子组成参数，基于此数据进行ENC-plot、RP2-plot、中性绘图、对应分析、系统发育等分析。结果表明，5种柴胡属植物叶绿体基因组的密码子使用模式相似，序列富含A/U，且密码子偏好于以A/U结尾。5种柴胡属植物叶绿体基因组ENC值均大于35，密码子的偏好性较弱。ENC-plot、RP2-plot、中性绘图和对应分析结果表明，5种柴胡属植物叶绿体密码子的使用偏好性的形成受碱基突变、自然选择等多种因素共同影响，其中自然选择起主导作用。筛选出17个共有最优密码子，表现为“NNA”和“NNU”模式。RSCU的聚类分析结果与基于叶绿体编码序列构建的系统发育树拓扑结构具有相似性，表明密码子使用偏好性一定程度上可以反映物种进化关系。
- 出版日期2023
- 单位咸阳师范学院
