ABEEMσπ-GB/SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

作者：赵东霞; 董慧馨

来源：辽宁师范大学学报(自然科学版), 2013, (04): 502-506.

• ABEEMσπ/MM浮动电荷分子力场
• 四肽
• 分子动力学模拟
• 溶剂可及表面积
• 溶剂化自由能 ABEEMσπ/MM fluctuating charge force field
• tetrapeptide
• molecular dynamics simulation
• solvent accessible surface
• solvation free energy

使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298K,NVT系综下对5种构象的Ala四肽水溶液进行了动力学模拟.计算了动力学平衡态下Ala四肽中非氢原子的均方根偏差.结合广义玻恩模型(GB)计算了溶剂化自由能的极性部分,使用SA方法计算了溶剂化自由能的非极性部分.溶剂化自由能的结果表明,Ala四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在.使用类似方法分别对Gly,Leu,Val,Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究,计算了这5种四肽的溶剂化自由能.结果表明,Asp和Asn四肽亲水性较强,Leu、Val和Ala四肽疏水性较强,Gly四肽居中,此结论与实际相符.该类研究为ABEEMσ...

• 出版日期2013
• 单位辽宁师范大学