胃腺癌预后基因的筛选和分析

作者：高丽娟; 曹夏

来源：山西医科大学学报, 2018, 49(05): 476-481.

DOI：10.13753/j.issn.1007-6611.2018.05.005

• TCGA数据库
• 胃腺癌
• R语言
• 三磷酸腺苷酶家族蛋白2
• 纤溶酶原激活物抑制因子1

目的通过对TCGA数据库中胃腺癌测序数据进行分析,找出预后相关的基因。方法通过R语言edge R包筛选差异基因(FC>2,P<0.05),经DAVID在线软件对差异基因进行GO和pathway富集分析后(FDR<0.01),利用R语言survival包对预后相关基因进行Cox回归分析,筛选出与预后相关的基因,结合Oncomine数据库将这些基因与其他胃癌研究中的表达情况进行结果比较。结果得到1 634个差异基因,其中上调差异基因857个,下调差异基因777个,GO分析发现差异基因主要集中于消化吸收(GO:0007586),细胞外基质蛋白(GO:0005578),激素活性(GO:0005179),角质化包膜(GO:0001533),结构分子活性(GO:0005198),表皮发育(GO:0008544),蛋白质水解(GO:0006508),肽交联(GO:0018149)等生物过程,Pathway分析差异基因主要涉及细胞色素P450对有害物质的代谢(hsa00980),化学致癌(hsa05204),脂肪消化与吸收(hsa04975),甾类激素的生物合成(hsa00140),蛋白质的消化与吸收(hsa04974)等生物通路,通过Cox生存分析发现ATAD2和SERPINE1的高表达对患者的预后有显著影响。结论通过对TCGA数据库中胃腺癌的表达数据分析研究,选出两个与该疾病预后密切相关的基因ATAD2和SERPINE1,为该疾病的早期诊断治疗和靶向药物的开发提供重要理论依据。

• 出版日期2018
• 单位山西医科大学; 基础医学院