选用PDA培养基对黄连内生真菌进行分离,运用薄层色谱法和高效液相色谱法检测到菌株HL-Y-3可产小檗碱,菌丝中质量分数为9.313μg·g-1,形态学观察结合5.8S rDNA-ITS序列分析鉴定内生真菌HL-Y-3为交链孢属Alternaria sp.,采用薄层制备分离到小檗碱单体,质谱和核磁鉴定的结果表明小檗碱样品图谱与文献报道基本一致,确证分离到的生物碱为小檗碱,为小檗碱的开发利用提供了新的资源。