hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析

作者：朱璐; 史春梅; 崔焱; 徐广峰; 季晨博; 倪毓辉; 郭锡熔

来源：西部医学, 2012, (10): 1851-1855.

• miR-335
• miRNA
• 生物信息学
• 人脂肪细胞
• 肥胖 Hsa-miR-335
• miRNA
• Bioinformatics Analysis
• Human preadipocytes
• Obesity

目的对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础。方法通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征;应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释(Gene Ontol-ogy)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment)。应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测。结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程(P>0.01),其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路(P<0.05)。启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置(TSS)、Poly A信号、转录因子结合位置(TFBS)。结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制。为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础。

• 出版日期2012
• 单位南京医科大学